L’actual parròquia es troba en l’antic monestir fundat l’any 875, quan Guifré el Pilós i Guinedella, Comtes de Cerdanya, Urgell, Osona, Girona, Barcelona i Conflent, creen una comunitat de monges benedictines que serà el primer monestir femení fundat a Catalunya. Al 1017 Benet VI ordena la dissolució de la comunitat i la institució, en el seu lloc, d’una canònica. L’any 1592 la comunitat de canonges de Sant Joan és secularitzada en compliment de la butlla de Climent VIII. Al seu lloc, s’erigeix una col·legiata governada per arxiprests. La llarga i rica vida en comunitat del monestir finalitza a mitjan segle XIX. El monestir passa aleshores a exercir les funcions de parròquia.

A partir del 1856 i fins l’actualitat, el rector i els preveres de l’església parroquial, que fins aleshores era l’església de Sant Pol, passen a residir a les dependències del monestir.
A finals del segle XIX el monestir conserva bona part del mobiliari litúrgic, però el pas del temps ha deixat la seva empremta en l’edifici, que pateix humitats. La denúncia d’aquest fet, publicada a la premsa, és el detonant de la reconstrucció del monestir que dirigirà Josep Puig i Cadafalch a partir de 1912.

Els avalots de la Guerra Civil provoquen greus estralls en el monestir. Un cop acabada la contesa, una comissió de ciutadans encapçalats per Jaume Espona emprèn la restauració definitiva del monestir que correrà a càrrec de l’arquitecte barceloní Ramon Duran i Reynals. Després de la inauguració oficial del monestir, un cop restaurat, se celebra el mes de setembre de 1955 i, d’ençà aquest moment, el monestir continua acollint a tots aquells que volen viure i gaudir del seu ric patrimoni espiritual i artístic.

L’església actual del monestir de Sant Joan de les Abadesses fou consagrada el 1150. Presenta, per tant, els trets característics del romànic, amb la singularitat afegida de ser un dels exemples més bonics i emblemàtics de la gran arquitectura monumental del segle XII a Catalunya.
Però el recinte monàstic ha evolucionat al llarg dels seus anys d’història per a adaptar-se a les necessitats de la comunitat i als gustos artístics del moment. Avui hi trobem un claustre gòtic que data del segle XV, un elegant edifici renaixentista adossat al transsepte sud de l’església i la capella dedicada a la Mare de Déu dels Dolors, amb una excepcional cúpula barroca executada entre 1714 i 1715. A l’interior de l’església s’observen obres com el Santíssim Misteri, únic Davallament romànic conservat in situ a Catalunya, i un conjunt retaulístic gòtic atribuït al taller d’escultors actius a Sant Joan de les Abadesses a mitjan segle XIV.
La bona conservació arquitectònica es deu a les restauracions que el temple experimentà al llarg del segle XX.

Els Sants màrtirs Joan i Pau, morts a Roma, el dia 26 de juny de 362, foren dos màrtirs cristians del segle IV. Segons la tradició hagiogràfica, Joan i Pau eren germans, d’una família notable de Roma. La passio té tres redaccions diferents del segle IV, que els presenten primer com a majordom i criat de Constança, filla de l’emperador Constantí I el Gran, de segon, com a oficials de Gal·licà i tercer com a diaques de Roma que repartiren als pobres els béns donats per Constantí. L’emperador Flavi Claudi volia restaurar els cultes pagans i volgué que abjuressin del cristianisme per a donar exemple a d’altres; davant la seva negativa resposta, els envià al comandant Terencià, que els ordenà de fer sacrificis a Júpiter. Com que s’hi negaren, foren decapitats i sebollits secretament sota l’escala de la seva casa del Celi. Per això, son titulars de l’antiga basílica romana del mont Celi (Basilica Celimontana). I són també titulars de moltes esglésies arreu del mon, entre les quals la nostra parròquia. La gent que habitava la vila i la ribera de Sant Joan va integrar-se en una parròquia que tenia el centre de culte a l’església de Sant Pol, dedicada als sants Joan i Pau. Quan a mitjan segle XIX, extingida la col·legiata, la parròquia va ocupar l’antiga església del monestir, el patronatge dels dos germans màrtirs quedà una mica esborrat. Malgrat tot, fins al 1936, el temple tingué un culte relativament sovintejat i s’hi celebrava la festa dels sants Joan i Pau, que actualment té lloc al monestir, on es conserva el reliquiari.